Visa alla termer |
ITS-sekvenserFiguren visar en schematisk bild av ett rRNA-kluster hos svampar. ITS står för Internal Transcribed Spacer och IGS för InterGenic spacer. - Klicka på bilden för att förstora den. InledningITS-sekvenser betydet "Internal Transcribed Spacer"-sekvenser och syftar på de DNA-segment som ligger mellan rRNA-generna i rRNA-operonen. Eukaryota organismer har fyra olika rRNA-molekyler: 5S, 5,8S, 18S och 26S rRNA eller 28S rRNA. Generna för rRNA-molekyler är organiserade i kluster eller operon och mellan generna finns ITS-sekvenser. Dessa kluster föreligger i många kopior i genomen och figuren visar hur rRNA-gener, ITS-sekvenser och IGS- (InterGenic spacer-) sekvenser är organiserade i genomen hos svampar. Svampar har två ITS-gener, medan bakterier bara har en sådan gen. Praktisk användningFör identifiering och fylogenetiska studier av svampar har ITS-sekvenser visat sig vara väldigt användbara och man kallar dessa sekvenser för molekylära streckkoder. Tack vare variabiliteten i ITS kan sekvensanalys ge information om släkttillhörighet och oftast även arttillhörighet. Ibland kan även geografiska varianter identifieras vilket är användbart inom epidemiologi. På svampsidorna i AgriMyc kommer länkar att ges till ITS-sekvenser deponerada i databasen GenBank. Uppdaterad: 2022-05-20. |