Visa alla termer

ITS-sekvenser

ITS-sekvenser

Figuren visar en schematisk bild av ett rRNA-kluster hos svampar. ITS står för Internal Transcribed Spacer och IGS för InterGenic spacer. - Klicka på bilden för att förstora den.

Inledning

ITS-sekvenser betydet "Internal Transcribed Spacer"-sekvenser och syftar på de DNA-segment som ligger mellan rRNA-generna  i rRNA-operonen. Eukaryota organismer har fyra olika rRNA-molekyler: 5S, 5,8S, 18S och 26S rRNA eller 28S rRNA. Generna för rRNA-molekyler är organiserade i kluster eller operon och mellan generna finns ITS-sekvenser. Dessa kluster föreligger i många kopior i genomen och figuren visar hur rRNA-gener, ITS-sekvenser och IGS- (InterGenic spacer-) sekvenser är organiserade i genomen hos svampar. Svampar har två ITS-gener, medan bakterier bara har en sådan gen.

Praktisk användning

För identifiering och fylogenetiska studier av svampar har ITS-sekvenser visat sig vara väldigt användbara och man kallar dessa sekvenser för molekylära streckkoder. Tack vare variabiliteten i ITS kan sekvensanalys ge information om släkttillhörighet och oftast även arttillhörighet. Ibland kan även geografiska varianter identifieras vilket är användbart inom epidemiologi. På svampsidorna i AgriMyc kommer länkar att ges till ITS-sekvenser deponerada i databasen GenBank.

Uppdaterad: 2022-05-20.


Senast uppdaterade

Sveriges lantbruksuniversitet